Substainalyzer besteht aus einer gemeinnützigen Gesellschaft (gGmbH) sowie einer Beratungsgesellschaft (GmbH).

Die gGmbH ist für Projekte, Bildungsangebote und gemeinnützige Aktivitäten verantwortlich.
Die GmbH erbringt Beratungs- und Dienstleistungen für Unternehmen.

Beide Einheiten arbeiten inhaltlich zusammen, sind jedoch rechtlich getrennt.